Lối chơi của Ghost Recon khác hẳn so với dòng game Rainbow Six trước đây. Thay vì dẫn đầu đội đặc nhiệm chống khủng bố, bây giờ người chơi là một thành viên trong lực lượng bộ binh đặc biệt có tên là "Những con ma" (Ghost). Trong Ghost Recon hầu hết các trận chiến đều diễn ra ở những vùng đất lớn, rộng rãi và người chơi hoàn toàn tự do để phát triển các chiến thuật của riêng mình. Trò chơi được phân chia thành 15 chiến dịch lớn, diễn ra ở những địa điểm thực trên khắp thế giới. Mỗi nhiệm vụ lại khiến các chiến sĩ của người chơi phải xử lý khác nhau để có thể hoàn thành các công việc tìm kiếm và giải cứu, phá hủy… Người chơi không chỉ muốn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ, mà còn muốn đồng đội của mình sống sót qua các chiến dịch và họ sẽ khỏe mạnh hơn qua mỗi sự thành công đó.[10]

Một điểm khác biệt trong Ghost Recon là không còn phần giới thiệu kế hoạch trước các nhiệm vụ. Người chơi có thể phải tổ chức hoạt động cho nhóm của mình một cách hết sức linh hoạt hoặc để trò chơi tự động sắp xếp thay và giao cho họ những nhiệm vụ thích hợp. Ngoài ra, Ghost Recon còn thể hiện sự cảnh báo đe dọa trên ống ngắm của người chơi. Ba vòng phía trong sẽ giúp người chơi phát hiện ra những nơi có thể có địch hay nơi đang xảy ra giao chiến. Hai vòng ngoài thì rất có ích trong việc định vị kẻ thù và vòng trong cùng sẽ sáng lên khi có kẻ thù cách người chơi dưới 40m, gây cảm giác hoảng sợ trong trường hợp nó tiếp tục sáng mà người chơi vẫn không phát hiện được quân địch ở đâu. Kho vũ khí của game được thiết kế hết sức chi tiết và đa dạng bao gồm các loại súng phổ biến trong giới quân sự như súng trường, súng bắn tỉa, súng lục lẫn vũ khí chống tăng và cuối cùng là vũ khí chiến đấu cá nhân mục tiêu OICW (Objective Individual Combat Weapon) tức khẩu súng phóng lựu. Ngoài ra còn có thêm hệ thống Land Warrior nhằm trang bị cho các chiến binh những dụng cụ hiện đại nhất như máy định vị GPS, máy tính và cả kính hồng ngoại nhìn trong đêm.[10]

Các tay súng của người chơi có thể thực hiện ba kiểu tư thế là bước chạy, đi gập mình và bò sát đất. Người chơi càng nằm thấp bao nhiêu thì khả năng ngắm bắn sẽ càng tốt lên bấy nhiêu. Và tất nhiên, sự chính xác của các vũ khí sẽ bị giảm bớt trong khi người chơi di chuyển. Nhiều đặc điểm khác cũng được thêm vào khi người chơi tham gia vào chiến dịch của game ví dụ như những chiến sĩ với bộ quần áo chuyên dụng có thể chứa được hàng chục cân đạn và các vật dụng thiết yếu khác y như một người lích bộ binh trong thực tế. Thêm vào đó, sau khi hoàn thành mỗi nhiệm vụ, những ai trong đội của người chơi còn sống sót sẽ nhận được điểm chiến đấu (Combat Point). Người chơi có thể bổ sung điểm này vào bốn loại kỹ năng: lẩn tránh, sức chịu đựng, vũ khí hay khả năng lãnh đạo. Mỗi loại có thể được cho tối đa 8 điểm. Với tổng số 15 điểm có thể đạt được trong suốt trò chơi. Người chơi phải nâng cấp các chiến sĩ của mình bằng cách tăng điểm trong các trận chiến ở những vùng khác nhau. Khi một thành viên nào đó đạt được đến một trình độ kha khá, và khi anh ta bị bắn hạ thì người chơi sẽ phải load save và chơi lại. Đây cũng là một đặc điểm cuốn hút người chơi.[10]

Người chơi cũng có thể dùng những người chơi ẩn để giúp tăng kinh nghiệm trong chiến đấu. Trước khi bắt đầu mỗi nhiệm vụ, lực lượng của người chơi có ba mục tiêu để giúp các thành viên trong đội tăng điểm. Sauk hi hoàn thành các nhiệm vụ trên, người chơi sẽ giải cứu được một anh hùng, một nhân viên đặc biệt mà người chơi có thể bổ sung vào đội của mình để tham gia các trận đánh. Những nhân viên chưa cần đến trong điệp vụ thường được trang bị những vũ khí chiến đấu tối tân. Do đó, khi họ tham gia vào đội thì chất lượng và những tùy chọn chiến thuật sẵn có của đội sẽ tăng lên rất nhiều. Ngoài phần chiến dịch ra, nhà sản xuất còn đưa vào phần chơi qua mạng với sự hỗ trợ đến 21 bản đồ, 5 thiết kế đặc biệt cho phần chơi nhiều người, 15 nhiệm vụ cho phần chơi chiến dịch và khả năng chơi các nhiệm vụ thêm khác. Lưu ý nữa là phần Arcade hoàn toàn chơi trong đêm nên buộc người chơi phải thực sự linh hoạt trong việc di chuyển cũng như hành động chiến thuật nhóm phù hợp.[10]